شهدت العلاقة بين الرئيس السادات والشيخ عبد الحليم محمود توترًا كبيرًا خلال فترة تولي الأخير مشيخة الأزهر، فبعد تولى الشيخ عبد الحليم مشيخة الأزهر بوقت قصير أصدر السادات قرارًا جمهوريًا جرد منصب شيخ الأزهر مما تبقى له من اختصاصات ويمنحها لوزير الأوقاف والأزهر، فبادر الشيخ بتقديم استقالته بدعوى أنّ القرار يعوقه عن أداء رسالته الروحية في مصر والعالم العربي والإسلامي، وامتنع عن الذهاب إلى مكتبه، ورفض تناول راتبه، وطلب تسوية معاشه، الأمر الذي دفع السادات إلى العدول عن القرار، وإصدار قرار جديد نص على أن "شيخ الأزهر هو الإمام الأكبر وصاحب الرأي في كل ما يتصل بالشئون الدينية والمشتغلين بالقرآن وعلوم الإسلام وله الرياسة والتوجيه في كل ما يتصل بالدراسات الإسلامية والعربية في الأزهر.. يعامل شيخ الأزهر معاملة الوزير من حيث المرتب والمعاش، ويكون ترتيبه في الأسبقية قبل الوزراء مباشرة"، وبعد وفاة الشيخ عبد الحليم محمود صدر قرار جمهوري نص على مساواة منصب شيخ الأزهر بمنصب رئيس الوزراء. 

كما تصدى الشيخ عبد الحليم محمود لقانون الأحوال الشخصية الذي عُرف باسم "قانون جيهان"، والذى كان ينص على منع تعدد الزوجات ووضع قيود على الطلاق، وأصدر بيانًا شديدًا حذر فيه نواب البرلمان من مخالفة تعاليم الدين الإسلامي، وقال حينها : "لا قيود على الطلاق إلا من ضمير المسلم ولا قيود على التعدد إلا من ضمير المسلم"، فما كان من الحكومة إلا أن أعلنت أنه لا نية لتعديل قانون الأحوال الشخصية.